Một số người ngthĩ rằng tôn giáo đối lập với tri thức và mâu thuẫn với cách tiếp cận khoa học, bởi vì tôn giáo theo quan điểm của họ là nguồn gốc của ảo tưởng, huyền thoại và suy nghĩ mê tín trong khi khoa học và triết lý là hai con đường dẫn đến kiến thức có hệ thống, có thể trở thành một nguồn kiến thức đáng tin cậy, xác thực khi hội tụ các điều kiện nghiên cứu, suy nghĩ, thử nghiệm.. Sự suy nghĩ này khi nhìn nhận lại thì nó có mặt đúng và mặt sai.
Mặt đúng chẳng hạn như có một số tôn giáo ngăn chặn tri thức và đôi khi mâu thuẫn với khoa học. Các nguồn tài liệu tham khảo thì chứa đầy những huyền thoại, mê tín dị đoan mâu thuẫn với vũ trụ và khoa học. Còn mặt sai là đã đưa ra một sự phán quyết toàn diện đối với tất cả tôn giáo mà không quan tâm đến sự khác biệt hiện hữu giữa các tôn giáo này, chẳng hạn những gì liên quan đến nguồn gốc, ý tưởng, phương sách và cơ sở của các tôn giáo đó.
Người nghiên cứu Qur’an – cơ sở chính của Islam – thì chắc chắn sẽ thấy rằng Qur’an đã cho kiến thức một vị trí mà các tôn giáo khác không hề có. Không cần thiết phải nghiên cứu kỹ lưỡng trong Qur’an thì cũng thấy rằng kinh sách này khuyến khích con người dùng trí để suy nghĩ, thậm chí Nó đã lặp đi lặp lại câu hỏi mang tính chê trách (Há các ngươi không chịu suy ngẫm ư?) hơn 13 lần.
Người nghiên cứu Qur’an không cần thiết phải nghiên cứu kỹ lưỡng cũng thấy rằng kinh sách này khuyến khích con người dùng trí để suy nghĩ.
Qur’an hướng dẫn dùng trí suy nghĩ trong nhiều vấn đề, tiêu biểu:
Qur’an đối thoại với con người; nhân vật có khả năng suy nghĩ cởi mở, không bị ràng buộc bởi bất kỳ hình thức chuyên chế, kiêu ngạo, sợ hãi và ngu muội bằng cách đưa ra các bằng chứng về sự bắt buộc tin tưởng vào Allah dựa trên các cơ sở khoa học và bằng chứng logic đa dạng, trong đó có lời phán của Allah:
{Phải chăng họ đã được tạo ra từ vô hữu hay họ chính là những người tạo hóa hay họ đã tạo ra các tầng trời và trái đất?! Nhưng họ lại không có niềm tin vững chắc}
Qur’an thảo luận về các bằng chứng của những người đối lập, đồng thời bác bỏ lập luận không dựa trên bằng chứng và cơ sở, như Allah phán:
{Hãy bảo!: “Hãy mang đến các bằng chứng của các ngươi nếu các ngươi là những người nói thật”}
Qur’an khiển trách những ai không dùng trí suy nghĩ của họ, Qur’an mô tả họ như những người không có các giác quan bởi lẽ họ không tiếp thu được điều hữu ích nào từ những gì họ nhìn thấy và nghe được để đưa ra quyết định và lựa chọn đúng đắn, như Ngài phán:
{Tại sao họ lại không du ngoạn trên trái đất để cho tâm trí của họ suy nghĩ hoặc để tai của họ nghe thấy. Quả thật, những cặp mắt không mù lòa, mà trái tim (nằm khuất) trong lòng của họ mới mù lòa}
Qur’an cảnh báo về những cản trở tư duy đang có trong suy nghĩ của con người. Qur’an không chỉ đôn đốc việc sử dụng các giác quan, trí tuệ và phẩm giá của chúng ta mà còn cảnh báo chúng ta về những cạm bẫy của tâm trí, bởi vì bản chất của con người luôn có những ham muốn thiện và ác, điều mà nó khiến đưa ra kết luận sai lầm và có khi lệch lạc vô tình hay cố ý.